Moet ik bij ontslag ook een transitievergoeding betalen aan een werknemer die eerst een periode via een uitzendbureau heeft gewerkt?

Ja, de diensttijd als uitzendkracht telt mee, tenminste als de uitzendkracht (nagenoeg) hetzelfde werk blijft doen. Het maakt niet uit dat hij toen werd ingeleend via het uitzendbureau (vorige werkgever) en pas later direct in dienst trad bij zijn huidige werkgever (voorheen inlener).